Zoals te lezen onder het kopje "Geschiedenis" kent de Saarlooswolfhond vanaf 1982 twee subpopulaties.
De ene subpopulatie, de raszuivere, kent nauwelijks gezondheidsproblemen. Heupdysplasie komt niet voor.
Wel zijn er een aantal honden met een afwijking aan het netvlies. Wat het precies inhoudt is een beladen onderwerp. De gespecialiseerde oogartsen denken hier niet allemaal hetzelfde over. Volgens de ene specialist betreft het Progressieve Retina Atrofie ofwel voortschrijdende netvlies degeneratie. De hond loopt hierdoor grote kans blind te worden. Op welke leeftijd dat zou gebeuren is afhankelijk van de vorm van PRA. Volgens andere oogspecialisten is het een vorm die pas op hoge leeftijd, lees boven 8 jaar, problemen zou kunnen geven maar waar de hond niet blind van hoeft te worden. Tenslotte zijn er oogspecialisten die van mening zijn dat het helemaal geen PRA is maar een andere, nog niet bekende, aandoening.
In ieder geval zijn er geen honden bekend die daadwerkelijk blind geworden zijn terwijl zij dat volgens diezelfde specialisten binnen het jaar na onderzoek hadden moeten zijn.

Bij de tweede subpopulatie, of zo u wilt de niet-raszuivere, is de gezondheidssituatie ernstiger.
Ook daar kent men het begrip heupdysplasie. In een enkel geval zelfs zodanig dat men de hond in heeft moeten laten slapen.
Naast PRA, in een aantal gevallen zelfs tot blindheid leidend, komen ook cataract en dystichiasis voor.
Bij die subpopulatie echter komt ook dwerggroei voor. Een vorm die veroorzaakt wordt door een afwijking van de hypofyse. Lijders aan deze aandoening komen of dood ter wereld of halen, dankzij intensieve medische begeleiding, de leeftijd van circa 4 jaar.
Nog ernstiger is de aandoening DM (degeneratieve myelopathie). Hierbij wordt het zenuwstelsel aangetast, waarbij de hond over het algemeen als eerste last krijgt van verlammingsverschijnselen aan de achterhand en waarbij dit zich vervolgens uitbreidt naar de voorhand en tenslotte de dood tot gevolg heeft. Overigens kunnen verlammingsverschijnselen ook door andere aandoeningen veroorzaakt worden.
Voor zowel Dwerggroei als voor DM zijn genetische testen beschikbaar, hoewel de test voor DM volgens sommigen niet geschikt zou zijn voor honden uit de raszuivere subpopulatie. Daar zou een ander gen voor de aandoening verantwoordelijk zijn. Welk gen is niet bekend. Het feit dat die aandoening echter nog nooit bij die raszuivere honden aangetroffen is, vindt men niet ter zake doende.

Zowel Dwerggroei als DM zijn terug te leiden op honden van andere rassen die vanaf 1985 ingekruist zijn in die tweede subpopulatie.